L’idée de sa construction fut émise dès la fin du XVIIème siècle, mais repoussée pour des raisons techniques. C’est finalement Napoléon Bonaparte qui lancera les travaux à partir de 1801, interrompus en 1809. Ils reprendront en 1841 avec de nouvelles techniques pour construire l’île artificielle soutenant le fort, qui sera achevé en 1859. Seulement, à cette époque, la portée des canons équipant les défenses alentour ayant été accrue, le Fort Boyard était devenu obsolète.

Le fort servit finalement de prison à la fin du XIXème siècle, avant d’être abandonné par l’armée vers 1910. Après avoir été livré un temps au pillage, le Département le rachète en 1979, puis le fait restaurer, avant que le cinéma et un certain jeu télévisé ne redonnent à Fort Boyard, classé aux Monuments Historiques, la reconnaissance et la splendeur qui lui sont dues.
Le fort n’est pas accessible au public, mais de nombreuses promenades organisées en mer vous en proposent un point de vue admirable.